For å opprettholde ferskheten til sjokolade muffinsene, er det best å oppbevare dem i en lufttett beholder ved romtemperatur. Hvis de oppbevares på et kjølig, tørt sted, bør de holde seg ferske i opptil tre dager. For lengre oppbevaring, vurder å fryse dem. La muffinsene avkjøle helt, pakk dem deretter individuelt i plastfolie eller aluminiumsfolie, og legg dem i en frysesikker pose eller beholder. Denne metoden kan bevare kvaliteten i opptil tre måneder. Når du er klar til å nyte dem igjen, kan du enkelt tine dem ved romtemperatur eller varme dem i mikrobølgeovnen i noen sekunder for den nybakte smaken.