For å bevare friskheten til eplebollene, er det best å oppbevare dem i en lufttett beholder ved romtemperatur i opptil to dager. Hvis du ønsker å oppbevare dem lenger, kan du kjøle dem i opptil en uke. For enda lengre oppbevaring, vurder å fryse bollene. Først, la dem avkjøle helt, og legg dem deretter i en frysevennlig pose eller beholder. Riktig oppbevart kan de vare i fryseren i opptil tre måneder. Når du er klar til å nyte dem igjen, kan du enkelt tine dem ved romtemperatur eller varme dem opp i ovnen i noen minutter for å gjenskape varmen og mykheten, og sikre at du opplever den deilige, nybakte smaken igjen.